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腸胃炎的治療需根據病因用藥，若由於細菌感染引發，可使用頭孢類藥物進行治療；若由於病毒感染引發，則一般不建議使用頭孢類藥物進行治療。
細菌感染引發的腸胃炎，常見細菌包括彎曲桿菌、志賀菌、霍亂弧菌等，可使用抗生素，如左氧氟沙星、黃連素、頭孢類藥物等，同時需配合使用保護胃腸黏膜以及止瀉的藥物共同治療。病毒感染引發的腸胃炎，常見病毒包括輪狀病毒、諾沃克病毒、星狀病毒及腸腺病毒等，應用抗生素可能會引起腹瀉或促進耐藥菌生長，一般不建議使用。此外，由寄生蟲感染導致的腸胃炎一般也不建議使用頭孢治療，而需使用抗寄生蟲藥物進行治療，如青蒿素、奎寧、曲古黴素等。
對於腸胃炎患者，需在醫生指導下用藥，若有必要，可口服補液鹽或靜脈補液補充電解質，保證體液平衡，避免出現脫水情況。治療期間飲食以清淡為主，避免辛辣刺激，多補充水分，註意保暖，避免加重癥狀。
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